מחלוקת בהלכה עוסקות לעתים בדיני נפשות ממש. הדוגמה הבולטת ביותר בימינו לשאלה זו היא המחלוקת ההלכתית ביחס לתרומת אברים. פוסקי ההלכה המובהקים נחלקו בשאלת ההכרה במוות המוחי-נשימתי, בדרכים לוודא שאכן הכל מבוצע כדרישת ההלכה וכדרישות החוק וכדו'. בשל כך, ישנה מחלוקת הלכתית לגיטימית לחלוטין בשאלה האם מותר לתרום אברים. לדעת אותם פוסקים שאינם מכירים במוות המוחי-נשימתי – ניתוק התורם מהמכונות ולקיחת אבריו היא רציחתו בידיים קודם מותו, והיא אסורה; לדעת הפוסקים המכירים במוות המוחי נשימתי, ובראשם הרב מרדכי אליהו והרב אברהם שפירא זכר צדיקים לברכה – תרומת האברים היא מצווה גדולה. כאמור, זוהי מחלוקת הלכתית מובהקת, שיש לה השלכות לדיני נפשות, וכמוה יש עוד. הנימוקים הם הלכתיים, והדעות מבוססות על מקורות שונים בהלכה. בשל כך, צריך לכבד גם את הדעות החולקות, להקדים את דבריהם לדברינו, ואף כשאנו סוברים באופן מוחלט כי תרומת אברים היא מצווה גדולה, ומעודדים בכל פה את המשפחות הנמצאות בשעה הקשה שלהן להסכים להציל נפש מישראל ולזכות את הנפטר במצווה גדולה הנעשית גם לאחר מותו, עלינו להכיר בכך שתורה נלמדת אסופות אסופות, ויש מתירים ויש אוסרים.
מה שלא ניתן לקבל בשום אופן הוא איסור לתרומת אברים אך היתר לקבלת אברים. יש פלפולים הלכתיים שמבקשים להתיר את הדבר, בטיעון שהאברים כבר נלקחו מה"תורם", ועל כן קבלתם אינה כרוכה באיסור, אלא כמעט במצווה של בל תשחית כלפי האברים. דברים אלה לא ניתן לאומרם, בשל העובדה שאין הם נכונים מציאותית (אברים אינם נלקחים אלא לנתרם מסוים ומובהק, שישנה התאמה לאברים), אך הם גם לקויים מאוד מבחינה מוסרית. כמעט ניתן לומר עליהם את שטען הנביא "הרצחת וגם ירשת", כיוון שמדובר במעשה של רציחת התורם (לדעת אלה האוסרים תרומת אברים שכן אינם מכירים במוות מוחי נשימתי), ומתוך כך נולדת האפשרות ל"רשת" את האברים על ידי החולה. על כן, משעה שהולכים בדרך הפסק האוסרת תרומת אברים יש לדעת כי לא ניתן להציל נפש על ידי תרומת אברים, וכאמור – זו פסיקה הלכתית אפשרית ויש לכבדה על שני צדדיה, אך לא כאשר היא נאמרת על צד אחד בלבד.
דברים אלה לא ללמד על עצמם יצאו אלא ללמד על הכלל כולו יצאו. בעזרת פלפולים אפשר להצדיק עוול מוסרי מסוגים שונים. רק לאחרונה אנו מוצאים פלפולי היתר של סרבן גט, המצדיק בפומבי את מעשיו בנימוקים מפולפלים הבאים להסתיר את העוול שהוא גורם – הן לאשתו הכבולה בכבליו על ידי סרבנותו, והן כלפי ההלכה, אותה הוא מנצל שלא כדין, ומגייס אותה כדי לכפות את טענותיו, וזאת ללא שום קשר לשאלה האם יש צדק בדבריו או לא. אין היתר הלכתי כלשהו להשתמש בכלי הלכתי קדוש זה, שקבע את אורחות הגירושין בישראל, לצורך אינטרסים אישיים, גם כאשר סוברים שצודקים. לא בכל כלי מותר להשתמש, וניצול ההלכה בצורה נבזית צריכה להיות אסורה באופן קטגורי, בלי להשמיט את הקרקע מהלגיטימיות של מאבק על עמדותיו של אדם.
"בא חבקוק והעמידן על אחת – וצדיק באמונתו יחיה". אמונה בלשון המקרא וחכמים היא יושרה והגינות, מוסר וצדק. זו דרכה של תורה, והיא מחייבת את כל הקשור בה.
